Analisi microflora latte con tecniche molecolari

microflora latte
Il microbiota negli animali
Un progetto messo a punto dalla Fondazione Edmund Mach di San Michele all’Adige (Tn) e finanziato dalla Fondazione Caritro che punta a scoprire potenziali indicatori microbici di rischio di sviluppo della malattia in bovini di razze tipiche trentine

Dagli strumenti della genomica per prevenire la mastite nei bovini da latte alla valorizzazione della biodiversità microbica del latte da alpeggio. Le attività di ricerca condotte dalla Fem (Fondazione Edmund Mach), di San Michele all’Adige (Tn), a supporto del settore zootecnico, che si affiancano alle ormai consolidate attività di consulenza, sperimentazione e di formazione, sono state messe in luce lo scorso 17 maggio alla Fondazione Caritro nell’ambito di un incontro dedicato alla biodiversità nella zootecnia alpina, al quale sono intervenuti esperti italiani ed europei nell’ambito del tema della salvaguardia delle razze tipiche.
L’evento, realizzato con il patrocinio di Federazione provinciale allevatori di Trento, la collaborazione della Provincia autonoma di Trento e il supporto della Fondazione Caritro, si inserisce nell’ambito delle celebrazioni della Giornata Internazionale della Biodiversità. Hanno aperto i lavori il direttore generale Fem, Sergio Menapace, il presidente della Federazione provinciale allevatori, Mauro Fezzi, accanto al dirigente del Dipartimento territorio, agricoltura, ambiente e foreste della Pat, Romano Masè, al responsabile dell’Ufficio produzioni biologiche, Federico Bigaran, e alla coordinatrice del Dipartimento biodiversità ed ecologia molecolare del Centro ricerca e innovazione Fem, Heidi Hauffe.
Al convegno ha avuto un ruolo centrale la trattazione del tema mastite, sul quale la Fondazione Cassa di Risparmio ha finanziato un progetto. Responsabile dello stesso è la ricercatrice Francesca Albonico, con lei abbiamo fatto il punto sullo stato dell’arte.

Dagli strumenti della genomica per prevenire la mastite nei bovini da latte alla valorizzazione della biodiversità microbica del latte da alpeggio. Le attività di ricerca condotte dalla Fem (Fondazione Edmund Mach), di San Michele all’Adige (Tn), a supporto del settore zootecnico, che si affiancano alle ormai consolidate attività di consulenza, sperimentazione e di formazione, sono state messe in luce lo scorso 17 maggio alla Fondazione Caritro nell’ambito di un incontro dedicato alla biodiversità nella zootecnia alpina, al quale sono intervenuti esperti italiani ed europei nell’ambito del tema della salvaguardia delle razze tipiche. L’evento, realizzato con il patrocinio di Federazione provinciale allevatori di Trento, la collaborazione della Provincia autonoma di Trento e il supporto della Fondazione Caritro, si inserisce nell’ambito delle celebrazioni della Giornata Internazionale della Biodiversità. Hanno aperto i lavori il direttore generale Fem, Sergio Menapace, il presidente della Federazione provinciale allevatori, Mauro Fezzi, accanto al dirigente del Dipartimento territorio, agricoltura, ambiente e foreste della Pat, Romano Masè, al responsabile dell’Ufficio produzioni biologiche, Federico Bigaran, e alla coordinatrice del Dipartimento biodiversità ed ecologia molecolare del Centro ricerca e innovazione Fem, Heidi Hauffe. Al convegno ha avuto un ruolo centrale la trattazione del tema mastite, sul quale la Fondazione Cassa di Risparmio ha finanziato un progetto. Responsabile dello stesso è la ricercatrice Francesca Albonico, con lei abbiamo fatto il punto sullo stato dell’arte. Cominciamo dagli obiettivi: Premesso che la mastite, nei bovini da latte, è causa di significative perdite economiche per le aziende zootecniche e che le attuali cure si basano su intensi trattamenti antibiotici che, oltre a dimostrarsi talvolta inefficaci, possono contribuire alla diffusione dell’antibiotico-resistenza tra le comunità batteriche, abbiamo cercato dei trattamenti alternativi all’uso degli antibiotici afferma la ricercatrice Albonico. Da qui, la necessità di sviluppare trattamenti tempestivi e/o alternativi che riducano l’utilizzo degli antibiotici. Il progetto Mastirisk prevede l’utilizzo delle più moderne tecniche molecolari per analizzare, per la prima volta, i cambiamenti della microflora del latte durante lo sviluppo di mastite subclinica, al fine di scoprire potenziali indicatori microbici di rischio di sviluppo della malattia in bovini di razze tipiche trentine. Ma quali gli indicatori previsti? «Quelli esistenti saranno integrati ad altri fattori chiave nella patologia mastitica per sviluppare un modello statistico di valutazione di rischio utile per attivare contromisure terapeutiche tempestive in grado di prevenirla. Una volta validata la loro applicabilità – ha spiegato Albonico -, i test metagenomici e il modello statistico potrebbero diventare utili strumenti a disposizione degli allevatori, rappresentando un sistema efficace di prevenzione, con ripercussioni utili sia per l’economia dell’azienda agricola, che il benessere animale e la sanità pubblica». Ciò premesso quali sono le attività in corso? «Durante una serie di incontri iniziali, in cui sono stati coinvolti i giovani ricercatori Fem – ha risposto Albonico -, i veterinari Fem e i tecnici Fpa, è stato sviluppato un modello sperimentale dettagliato tenendo in considerazione i dati utili da inserire poi nel modello statistico. È stato inoltre stabilito il numero di aziende da includere nella ricerca, nonchè il numero ideale dei campioni necessario. In seguito ai dati sulle aziende del territorio trentino raccolti e condivisi dai tecnici Fpa, sono state selezionate le 4 aziende da includere nel progetto. È stato quindi stabilito il calendario prelievi, le modalità di campionamento e di stoccaggio e la preparazione dei campioni». Quando si è iniziato la fase di campionamento? «La data è stata spostata a metà agosto in quanto abbiamo dovuto aspettare la data di inizio dei parti nelle diverse aziende. All’interno di ogni azienda – ha spiegato Albonico -, le vacche sono state scelte sulla base della storia medica. Per ogni vacca, il foremilk dei 4 quarti e un campione del latte di massa è stato prelevato ogni due settimane partendo da 15 giorni dopo il parto e fino a dopo la rilevazione di un Scc del latte di massa superiore alle 200mila cellule/ml, limite soglia indicativo di mastite subclinica. In seguito ad ogni campionamento, un’aliquota del latte di massa per ogni vacca campionata è stato inviato ai laboratori Fpa per la conta Scc e i risultati raccolti e inseriti nel database». Quali le prime indicazioni emerse? «Il valore Scc – ha detto Albonico – è stato utilizzato come indicatore per selezionare i campioni di latte foremilk da utilizzare nelle analisi successive (estrazione e sequenziamento). I campionamenti si sono conclusi ad inizio aprile. In tutto, sono stati raccolti e analizzati 926 campioni di latte di massa da singolo animale e 3704 campioni di foremilk dai 4 quarti che sono stati processati e stoccati. In totale, sono stati monitorati 115 animali su 4 stalle. Di questi, 19 animali hanno sviluppato mastite subclinica e 8 mastite clinica. Sono stati inoltre messi a punto i protocolli di estrazione del Dna e di sequenziamento, utilizzando dei campioni di prova e da inizio maggio sono iniziate le estrazioni dei campioni mastitici e non mastitici che verranno poi sequenziati, utilizzando la regione ipervariabile V3-V4 del gene 16S rRna batterico in grado di discriminare le diverse specie batteriche presenti nel nostro campione». Quali i suggerimenti per gli allevatori? «Siamo ancora nella fase iniziale ci vorrà ancora qualche mese per poter dare indicazioni concrete agli allevatori. Certo – ha concluso Albonico -, l’obiettivo è molto ambizioso».
Francesca Albonico.

Cominciamo dagli obiettivi: Premesso che la mastite, nei bovini da latte, è causa di significative perdite economiche per le aziende zootecniche e che le attuali cure si basano su intensi trattamenti antibiotici che, oltre a dimostrarsi talvolta inefficaci, possono contribuire alla diffusione dell’antibiotico-resistenza tra le comunità batteriche, abbiamo cercato dei trattamenti alternativi all’uso degli antibiotici afferma la ricercatrice Albonico. Da qui, la necessità di sviluppare trattamenti tempestivi e/o alternativi che riducano l’utilizzo degli antibiotici. Il progetto Mastirisk prevede l’utilizzo delle più moderne tecniche molecolari per analizzare, per la prima volta, i cambiamenti della microflora del latte durante lo sviluppo di mastite subclinica, al fine di scoprire potenziali indicatori microbici di rischio di sviluppo della malattia in bovini di razze tipiche trentine.

Ma quali gli indicatori previsti?
«Quelli esistenti saranno integrati ad altri fattori chiave nella patologia mastitica per sviluppare un modello statistico di valutazione di rischio utile per attivare contromisure terapeutiche tempestive in grado di prevenirla. Una volta validata la loro applicabilità – ha spiegato Albonico -, i test metagenomici e il modello statistico potrebbero diventare utili strumenti a disposizione degli allevatori, rappresentando un sistema efficace di prevenzione, con ripercussioni utili sia per l’economia dell’azienda agricola, che il benessere animale e la sanità pubblica».

Ciò premesso quali sono le attività in corso?
«Durante una serie di incontri iniziali, in cui sono stati coinvolti i giovani ricercatori Fem – ha risposto Albonico -, i veterinari Fem e i tecnici Fpa, è stato sviluppato un modello sperimentale dettagliato tenendo in considerazione i dati utili da inserire poi nel modello statistico. È stato inoltre stabilito il numero di aziende da includere nella ricerca, nonchè il numero ideale dei campioni necessario.

microflora latte
Una foto scattata durante la relazione della ricercatrice Francesca Albonico.

In seguito ai dati sulle aziende del territorio trentino raccolti e condivisi dai tecnici Fpa, sono state selezionate le 4 aziende da includere nel progetto. È stato quindi stabilito il calendario prelievi, le modalità di campionamento e di stoccaggio e la preparazione dei campioni».

Quando si è iniziato la fase di campionamento?
«La data è stata spostata a metà agosto in quanto abbiamo dovuto aspettare la data di inizio dei parti nelle diverse aziende. All’interno di ogni azienda – ha spiegato Albonico -, le vacche sono state scelte sulla base della storia medica. Per ogni vacca, il foremilk dei 4 quarti e un campione del latte di massa è stato prelevato ogni due settimane partendo da 15 giorni dopo il parto e fino a dopo la rilevazione di un Scc del latte di massa superiore alle 200mila cellule/ml, limite soglia indicativo di mastite subclinica. In seguito ad ogni campionamento, un’aliquota del latte di massa per ogni vacca campionata è stato inviato ai laboratori Fpa per la conta Scc e i risultati raccolti e inseriti nel database».

Quali le prime indicazioni emerse?
«Il valore Scc – ha detto Albonico – è stato utilizzato come indicatore per selezionare i campioni di latte foremilk da utilizzare nelle analisi successive (estrazione e sequenziamento). I campionamenti si sono conclusi ad inizio aprile. In tutto, sono stati raccolti e analizzati 926 campioni di latte di massa da singolo animale e 3704 campioni di foremilk dai 4 quarti che sono stati processati e stoccati. In totale, sono stati monitorati 115 animali su 4 stalle. Di questi, 19 animali hanno sviluppato mastite subclinica e 8 mastite clinica.

microflora latte
Un momento dell'incontro organizzato dalla Fem di San Michele all'Adige (Tn).

Sono stati inoltre messi a punto i protocolli di estrazione del Dna e di sequenziamento, utilizzando dei campioni di prova e da inizio maggio sono iniziate le estrazioni dei campioni mastitici e non mastitici che verranno poi sequenziati, utilizzando la regione ipervariabile V3-V4 del gene 16S rRna batterico in grado di discriminare le diverse specie batteriche presenti nel nostro campione».

Quali i suggerimenti per gli allevatori?
«Siamo ancora nella fase iniziale ci vorrà ancora qualche mese per poter dare indicazioni concrete agli allevatori. Certo – ha concluso Albonico -, l’obiettivo è molto ambizioso».

LASCIA UN COMMENTO

Inserisci il tuo commento
Inserisci il tuo nome